Die Zeit der Glaubenskämpfe ging auch an Bruchhausen nicht spurlos vorüber. So trat 1544 der Schloßherr Jost von Kanne mit einem Großteil der Bewohner zum protestantischen Glauben über. Jedoch bewirkte der Dreißigjährige Krieg und seine Folgen, daß im Jahre 1656 durch den übertritt des Schloßherren auch ein Teil der Untergebenen zum alten katholischen Glauben zurückkehrte. Im Gegensatz zu der damals allgemein angewandten Regel "Culus regio, eius rellgio" stellte es der Baron den Bruchhäusern frei, welchem Bekenntnis sie angehören wollten. Die Auswirkungen sehen wir heute noch an Hand der konfessionellen Zugehörigkeit der Bürger.

Ansonsten scheint Bruchhausen vom Dreißigjährigen Krieg verschont geblieben, wenn es auch später (1672/73) - von der Armee des Herzogs von Lothringen unter dem General Caprera geplündert wurde. Weit verhängnisvoller sollte sich der große Krieg für die Ansiedlung Ykenrode, nördlich von Bruchhausen im "Großen Loch" gelegen, auswirken. Der Ort wurde entweder völlig zerstört, oder aber es starben seine Bewohner an der Pest. Heute ist uns nur noch der Name dieser Wüstung erhalten geblieben. Möglicherweise haben die Bewohner aber auch den Ort verlassen und sich z. B. in Bruchhausen angesiedelt, denn eine Bevölkerungsstatistik aus dem Jahre 1700 weist bereits 80 Häuser und 384 Einwohner aus.

Schon damals mußten sich die Bewohner nach einem Nebenerwerb umsehen, der ihre Erträge aus der Landwirtschaft aufbesserte. Sie fanden ihn im Leinenbleichen. Noch heute künden zerfallene Bleicherhäuschen in den Nethewiesen von der einstigen Tätigkeit. Ihre Aufträge bekamen die "Braukschen Bleikers" zunächst von handwerklichen Webereien aus dem Ravensbergischen. Auch nach der Erfindung des mechanischen Webstuhls war dieser Erwerbszweig noch für einige Zeit ertragreich, wenn auch später die Aufträge spärlicher wurden und schließlich versiegten.